ФГУП "РАДОН" специализируется на обращении с радиоактивными отходами (РАО) средней и низкой активности, образующимися в народном хозяйстве (в науке, промышленности, медицине, сельском хозяйстве и т.д.).
Предприятие осуществляет весь комплекс работ с РАО – их сбор, транспортировку, переработку и хранение, а также проводит радиационно-аварийные работы, радиоэкологический и ртутный мониторинг.
Основное направление деятельности ФГУП "РАДОН" – обеспечение радиационной безопасности москвичей. В Москве развернута комплексная автоматизированная система экологического мониторинга.
ФГУП "РАДОН" также проводит радиационный контроль стройплощадок, радиационно-опасных объектов и состояния природной среды, ведет просветительскую работу с населением.
Кроме того,ФГУП "РАДОН" занимается сбором и переработкой РАО из 11 областей Центральной России.
Предприятие участвует в разработке общих принципов и практических моделей обеспечения радиационно-экологической безопасности крупных городов. В рамках координационных технических программ МАГАТЭ сотрудники предприятия привлекаются в качестве экспертов при подготовке рекомендаций для этой организации.